Es wird hier der Versuch unternommen, die Bauphasen mit den historischen Quellen zu den Äbten des Klosters Neuzelle abzugleichen. Eine interessante Quelle ist die „Nomina Abbatum a fundatione Monasterii Novaecellensis“ des Abraham Gast aus dem Jahr 1629, denn sie enthält zu jedem Abt von Hermann I. bis Hugo Stimmer ein vier zeiliges Epigramm. Es wird hier zitiert nach Heinrich Theissing: Die Äbte von Neuzelle, in: Joachim Fait und Joachim Fritz (Hrsg.): Neuzelle. Festschrift zum Jubiläum der Klostergründung vor 700 Jahren 1268-1968, Leipzig 1968, 9-76 [hier abgekürzt: Gast-FF].
Hermann I. (1281-1304)
Bauphase I: „[…] du hast die Anhöhe, die von einem Wallgraben beherrscht war, bebaut, […] Wie schwer plagt dich auf ärmlichem Lager die Sorge und dazu das enge Haus und das hölzerne Dach! […]“ (Gast-FF 14).
Einige Autoren haben den bei Gast erwähnten Wallgraben mit der Wenzelsburg etwa 1,7 km südlich des heutigen Klosters Neuzelle in Verbindung gebracht, einem slawischen Burgwall, der zu Beginn des 11. Jahrhunderts aufgegeben worden war. Doch konnten dort bei archäologischen Untersuchungen bislang keine Reste einer (provisorischen) Klosteranlage gefunden werden (Hermann Grosse: Die Wenzelsburg bei Neuzelle. In: Niederlausitzer Mitteilungen 19, 1929, 261-304). Zur Frage der Klosterverlegung gehe ich auf der Seite Klosterstandort näher ein. An dieser Stelle möchte ich lediglich die Hypothese äußern, dass sich der Bergsporn, auf dem die Klosteranlage heute steht, für eine frühmittelalterliche Befestigungsanlage sehr gut eignet. So könnte sich hier durchaus eine ältere Ansiedlung befunden haben, die in den Quellen Starzedel (= alte Siedlung) bezeichnet wird. Diese wurde allerdings durch das Kloster vollständig überbaut.
Ferner gehe ich davon aus, dass die erste Bauphase den Kern der heutigen Anlage bildet und kein zweiter Bau in gleicher Art und gleicher Bauabfolge an gleicher Stelle ist. Somit dürften die Kirche, sowie mindestens Ost- und Nordflügel der Klausur unter Abt Hermann I. errichtet, aber noch nicht vollendet worden sein. Das enge Haus und das hölzerne Dach, von dem Abraham Gast spricht, deuten auf eine zum Teil provisorische hölzerne Bauausführung.
Heinrich I. (1304-1331)
Bauphase I: „Er hat sich den noch unfertigen Werken des entstehenden Cella als sparsamer und vorausschauender Hausvater gewidmet. Ihm hat Bischof Witego die neuen Altäre geweiht, […]“ (Gast-FF 17).
Für das Jahr 1309 ist ein 40-tägiger Ablass überliefert, der die Fertigstellung der Kirche belegt. 1316 erlaubt Bischof Witego II., Kapellen und Altäre in den Vorhöfen (Grangien) des Klosters Neuzelle zu errichten. 1330 sind weitere Altarweihen in der Klosterkirche nachgewiesen; hierbei dürfte es sich um Nebenaltäre handeln.
Johannes I. (1331-1344)
„[…] Durch seine Bemühungen ist Cella nach Schlaben unterhalb des Berges verlegt worden. Zwar ist noch hölzern das Klosterportal, aber das unter dem Sonnenlicht geschaffene Haus ist durch Politz, Schönfließ und Beeskow erweitert worden.“ (Gast-FF 18).
Ich sehe in diesem Zitat keinen Hinweis auf eine komplette Verlegung des Klosters von Starzedel (wo sich dieser Ort auch immer befunden haben mag) an den heutigen Platz, da Abraham Gast in der Folge keinerlei Neubauten, wie er es zuvor getan hat, vermeldet. Die mittelalterlichen Quellen zur Verlegung des Klosters, die uns nur aus der Bestätigungsurkunde Kaiser Karls IV. von 1370/72 bekannt sind (W. Töpler 2015, 47), verweisen auf die dafür notwendige Genehmigungen durch Markgraf Dietrich und Bischof Witego I. und damit auf einen Zeitraum zwischen 1288 und 1293 (bei einer nachträglichen Bestätigung auch schon vor 1288), also auf die Amtszeit des Abtes Hermann I.
Natürlich muss auch gefragt werden, wie zuverlässig die Aussagen Abraham Gastes sind. Zu seiner Zeit ging man noch davon aus, das das Kloster Neuzelle bereits im Jahr 1227/28 bzw. 1230 gegründet worden sei. Vor Hermann I. soll es einen Abt Johannes gegeben haben, dem die Verlegung zugeschrieben wird. Hier liegt bei Gast vielleicht eine Verwechselung vor. Die Altarweihe im Jahre 1309 zeigt ebenfalls das Enddatum einer Verlegung an, da einmal geweihte Altäre generell nur im Notfall umgesetzt werden.
Jakobus I. Lugow (1344-1347)
Für Jakobus I. werden keine Baumaßnahmen erwähnt.
Nicolaus I. (1347-nach 1372)
In der Amtszeit des Abtes Nicolaus I. gelangte das Kloster Neuzelle in den Besitz der böhmischen Krone. Nach einer Inschrift an der Ostfassade der Heilig-Kreuz-Kirche stammt deren Vorgängerbau, die Ägidiuskapelle, aus dem Jahr 1354.
Theodoricus I. von Winningen (wohl 1380-etwa 1395)
Bauphase II: „[…] Zu seinem Lobe ist zu sagen, dass das geweihte Haus um viele Ellen gegenüber früher erweitert wurde.“ (Gast-FF 21).
In der Amtszeit des Abtes Theodoricus begann die zweite Bauphase mit der Erweiterung bzw. dem Ausbau (Einwölbung) der Klausur und des Kreuzganges, sowie den Anbau des Westturmes an die Klosterkirche und dem Bau des Dachstuhls. Diese Baumaßnahmen zogen sich bis etwa 1420 hin, werden von Gast bei den Nachfolgern des Theodoricus aber nicht mehr erwähnt.
Eine deutliche Verlängerung des Kirchenbaus ist nicht zu erkennen. Der Westturm schließt direkt an das schon bestehende westliche Joch an. Hier deuten Baufugen und eingebaute Strebepfeiler darauf hin, dass der Turm an die bestehende Westwand angebaut wurde. Denkbar ist auch, dass sich die Erweiterung um viele Ellen gar nicht auf die Länge sondern auf die Höhe der Klosterkirche bezieht.
Der Turm der Klosterkirche weist zwei in Backstein geschnittene Inschriften auf, die heute aufgrund der barocken Vorhalle von außen nicht mehr sichtbar sind. Sie sind in gotischen Minuskeln und in lateinischer Sprache verfasst. An der Westseite in etwa 17 m Höhe: „An dieser Stelle, wo ich, die Kirche, stehe mit der ganzen Umgebung, war ein Berg. Seine Höhe reichte bis zu dieser Schrift.“ An der Südseite in gleicher Höhe: „Das tu ich allen kunt / so tif ist der Grund“ (zitiert nach W. Töpler 2008, 71). Siehe auch: Klosterstandort.
Heinrich II. (etwa 1395-etwa 1397)
Abt Heinrich II. hat sich vor allem um die wirtschaftliche Erschließung der Oderniederung gekümmert. Baumaßnahmen sind nicht überliefert.
Caspar (um 1399-1402)
Aus den Quellen lässt sich über Abt Caspar kaum etwas erschließen. Abraham Gast erwähnt ihn gar nicht.
Hermann II. (1402-1408)
Abt Hermann II. hat die Erweiterung des klösterlichen Grundbesitzes vorangetrieben. Kloster Neuzelle scheint um 1400 einen deutlichen wirtschaftlichen Aufschwung erlebt zu haben. Baumaßnahmen werden allerdings nicht erwähnt.
Petrus I. (1408-1429)
Bauphase II: „[…] Was an Werken und Gütern er schuf, hat der verwegene […] Gegner mit der Zerstörung des Klosters wieder vernichtet.“ (Gast-FF 25).
Abt Petrus I. gehört zu den tragischen Gestalten der Neuzeller Klostergeschichte. Unter seiner Leitung kam die zweite Bauphase zum Abschluss. Der imposante Dachstuhl wird dendrochronologisch auf 1410/12 datiert. Auch die schönen Konsolen (und damit die Einwölbung insgesamt) des östlichen Kreuzgangflügels stammen aus dieser Zeit. Möglicherweise war der gesamte Kreuzgang in gleicher Weise eingewölbt und ausgeschmückt, da ähnliche Konsolenteile auch im Nord- und Südflügel zu finden sind (hier jedoch als Spolien).
Das baulich neu ausgeschmückte Kloster wurde im Jahr 1429 von radikalen Hussiten überfallen, Abt Petrus und etwa 20 Mönche des Klosters ermordet, das Kloster zu einem großen Teil geplündert und zerstört. Die böhmischen Zisterzienser waren von Anfang an gegen die Lehren des Jan Hus, Abt Petrus I. eventuell sogar auf dem Konzil in Konstanz 1415 am Prozess gegen Jan Hus beteiligt (H. Theissing 1968, 24). Dies könnte den brutalen Überfall auf das Kloster erklären, denn die Niederlausitz war eigentlich nicht der Kernbereich der Hussitenzüge.
Nicolaus II. von Bomsdorf (etwa 1431-1469)
Bauphase IIIa: „[…] Durch dich kommen die zerschlagenen Kräfte zu neuem Leben. Das Ansehen des Klosters, all seine Zierde und das gerühmte Kirchendach sind wiederhergestellt.“ (Gast-FF 26).
Die dritte Bauphase zog sich von 1437 bis um 1478 und von um 1487 bis 1515 hin. Zunächst galt es die Zerstörungen des Hussitenüberfalls zu beseitigen. Die Klosterkirche war wohl nicht so stark beschädigt. Es wird berichtet, dass sich der Laienbruder Koch auf dem Kirchenboden versteckt hatte und von hier aus das von den Hussiten gelegte Feuer löschen konnte (H. Theissing 1968, 24). Verheerend sah es dagegen im Kreuzgang aus, von dem wohl nur noch der Ostflügel stand.
1437 lebte der Konvent wohl wieder im Kloster Neuzelle (Die radikalen Hussiten waren 1432 und 1433 nochmals im Herrschaftsgebiet des Klosters unterwegs). Zur Zeit des Abtes Nicolaus II. dürften die Gewölbe im Kreuzgang wiederhergestellt worden sein. Darauf deuten die Konsolen. Aufgrund der schwierigen wirtschaftlichen Situation des Klosters wurden einige Konsolen bzw. Konsolenteile zweitverwendet (1442, 1443 und 1478 kam es zu Spendenaufrufen zum Wiederaufbau des Neuzeller Klosters). Im Nordflügel des Kreuzganges trägt eine Konsole das Wappen der Familie von Bomsdorf; im Südflügel ist auf einer Konsole das kursächsische Wappen zu sehen, das frühestens 1423 angefertigt worden sein kann (und sich meines Erachtens nicht auf die Stifterfamilie bezieht sondern auf Kurfürst Friedrich II. von Sachsen, der den einzigen militärischen Erfolg gegen die Hussiten erringen konnte und 1432 einen Sonderfrieden mit den Hussiten schloss).
Christophorus (1469-1478)
Bauphase IIIa: „Er führt das ihm überlassene, unterbrochene Werk des neuen Baues tatkräftig, kunstvoll und in kurzer Zeit zu Ende. Er hat dafür gesorgt, dass ein geeignetes Chorgestühl entstand als ein besonderer Schmuck der neuen Kirche.“ (Gast-FF 28).
Die Verlängerung des Ostflügels nach Norden fällt in die Zeit des Abtes Christophorus.
Vom Chorgestühl hat sich nichts erhalten.
Hermann III. (1478-1479)
Über Abt Hermann III. gibt es keine Hinweise auf Bautätigkeiten.
Matthaeus Kegel (1479-1483)
Matthaeus Kegel trat nach vier Jahren als Abt des Klosters Neuzelle zurück und lebte noch bis nach 1506 im Kloster. Beiträge zum Bau sind nicht bezeugt.
Philippus I. (1482-1500)
„Mit frommem Eifer sorgt er für würdigen Schmuck der Kirche und des Klosters, dass neu erblüht der Gottesdienst […]“ (Gast-FF 30).
Ute Schwarzzenberger schreibt in der Festschrift 1968: „Die schweren Verluste, die das Kloster während des Dreißigjährigen Krieges erlitt, haben sich auch auf die kirchliche Ausstattung ausgewirkt. Aus dem einst reichen und wertvollen Bestand der Paramente und liturgischen Geräte aus vorbarocker Zeit ist nur wenig erhalten geblieben. […] Einige wertvolle Gewänder sollen noch bis 1817 im Besitz der Kirche gewesen sein, doch heute ist nichts mehr vorhanden.“ (Schwarzzenberger-FF 123).
Lucas (1500-1511)
Abt Lucas ist vor allem als Schlichter bekannt, zum Beispiel beim Streit um das Frankfurter Kollegium. Bautätigkeiten sind hingegen nicht überliefert.
Johannes II. (1512)
Bauphase IIIb: „Ihm zu Ehre gereicht, dass er über den abgerissenen Mauern die Gewölbe erneuerte und des Hauses Dächer in trefflicher Form wieder geschlossen hat […]“ (Gast-FF 33).
Die Bautätigkeiten dürfte Johannes II. schon seit 1487 als Subprior und Prior des Klosters veranlasst haben. Die Neueinwölbung bezieht sich auf den Nordflügel der Klausur (Refektorium, Kalefaktorium, Brunnenhaus), das Parlatorium im Ostflügel und wohl auch auf die Klosterkirche, deren Einwölbung 1515 abgeschlossen wurde.
Paulus I (1512)
Es sind keine Baumaßnahmen des Abtes Paulus I. bezeugt.
Philippus II. (1512-etwa 1515)
Bauphase IIIb: „[…] Unter dir, Vater, ist das schützende Dach der neu gewölbten Kirche vollendet worden […]“ (Gast-FF 34).
An der Westwand der Klosterkirche ist die Jahreszahl 1515 und ein Wappen aufgemalt. Beides wird vom barocken Gewölbe angeschnitten.

Johannes III. Kern (etwa 1515- etwa 1517)
Die Amtszeit von Johannes III. war offenbar geprägt von einem Gegenabt namens Jakobus. Baumaßnahmen sind keine belegt.
Theodoricus II. Nugele (etwa 1517-1523)
Es sind keine Baumaßnahmen dieses Abtes bezeugt.
Michael I. (1523-1532)
Unter Abt Michael bekam die Klosterkirche eine neue Orgel und eine Reform des Chorgesangs. Abt Michael war sichtlich bemüht der Reformation etwas entgegen zu setzen.
Matthias (1533-1537)
Auch Abt Matthias setzte sich dafür ein, den katholischen Glauben zu stärken und im Klostergebiet zu halten. Nach dem Tod des Kurfürsten Joachim I. 1535 wurde auch in Brandenburg die neue Lehre gefördert. Viele Klöster wurden dort aufgelöst.
Nicolaus III. Hoffmann (1537-1557)
Die Reformation breitete sich immer weiter aus. Im Herrschaftsgebiet des Klosters Neuzelle waren die Katholiken 1550 nur noch eine Minderheit. 1535 wurde die Frankfurter Universität reformatorisch. Zehn Jahre später zog die Leipziger Universität nach. 1545 wurde das sächsische Kloster Altenzelle aufgelöst. Damit verlor Neuzelle sein Mutterkloster.
Bedrohlicher als die Reformation war für das Kloster Neuzelle die Finanzpolitik König Ferdinand I., die eine Verpfändung des Klosterbesitzes an Markgraf Johann von Brandenburg vorsah. Durch intensiven Einsatz konnte Abt Nicolaus III. dieses Vorhaben abwenden. Allerdings musste das Kloster dafür eine enorme Geldsumme aufbringen.
1547 lebten 26 Mönche und 9 Konversen im Kloster Neuzelle.
Jakobus II. Gast (1557-1568)
Auch Abt Jakobus II. musste sich mit einer drohenden Verpfändung seines Herrschaftsgebietes auseinander setzen. Er konnte die Gefahr mit Mühe abwenden. Der Verfall des Bistums Meißen erschwerte die Situation, da der sächsische Kurfürst Einfluss zu nehmen suchte. Für die Lausitzen konnte aber der katholische Landesherr Ferdinand I. die Administration an sich ziehen. Entsprechend dem Augsburger Religionsfrieden blieben die Klöster Neuzelle, Marienstern, Marientahl und Lauban erhalten. Auch das 1563 abgeschlossene Konzil von Trient gab dem katholischen Glauben neuen Schwung.
Erhardus Langewaldt (1568-1575)
Aus der Amtszeit des Abtes Erhardus sind keine Bauaktivitäten bekannt.
Michael II. Jakob (1575-1585)
Abt Michael II. ist vor allem dadurch hervorgetreten, dass er 9 Jahre lang Gelder aus der Klosterkasse für den Unterhalt einer Konkurbine gezahlt hat, mit der er einen Sohn hatte. Er wurde 1585 abgesetzt.
Bauphase IIIc: Um 1580 wurde ein neuer Hochaltar in der Klosterkirche aufgestellt. „106 thlr. [wurden dem] Christoff Bussen, Maler aus Frankfurt, wegen des hohen Altars gezahlt.“ (W. Töpler 2013, 168). Da Christoph Bussen (oder Bussow) auch später noch in Neuzelle belegt ist, könnten weitere Ausmalungen in der Stiftskirche und der Klausur (Brunnenhaus) von ihm stammen.

In der Klosterkirche gibt es Reste eines Chorgestühls, die später unter der Orgelempore eingebaut und mit barocken Wangen versehen wurden. Ihrer Gestaltung nach passen sie in das später 16. Jahrhundert. Dieses Chorgestühl könnte in einem Zusammenhang mit dem neuen Hochaltar stehen und seitlich an der Nord- und Südwand aufgestellt gewesen sein.

Andreas Widdmann (1585-1591)
Es sind keine Bauaktivitäten überliefert.
Laurentius Coswig (1591-1610)
Es sind keine Bauaktivitäten überliefert.
Paulus II. Weinerus (1610)
Es sind keine Bauaktivitäten überliefert.
Jaroslaus von Dohna (1611-1613)
Es sind keine Bauaktivitäten überliefert.
Balthasar Gutler (1613-1614)
Es sind keine Bauaktivitäten überliefert.
Adam Schwobe (1614-1616)
Nach einer Visitation durch den Abt von Citeaux wurde die Wahl Adam Schwobes für ungültig erklärt.
Georg Eschricht (1616-1626)
1616 wurde in Prag die böhmische Ordensprovinz gegründet, die dem Kloster Neuzelle nach der Aufhebung ihres Mutterklosters eine neue Organisationsstruktur gab.
Gerade als sich die wirtschaftliche Situation für das Kloster Neuzelle wieder gefestigt hatte brachte der Dreißigjährige Krieg neues Unheil. Zunächst war Neuzelle von keinen Kriegsereignissen unmittelbar betroffen. 1623 wurden die beiden Lausitzen jedoch für Beihilfen an den Kriegskosten pfandweise an das sächsische Kurfürstentum abgetreten. Bedingung war allerdings, dass die Rechte der katholischen Stifte und der katholischen Religion gewahrt bleiben mussten.
Hugo Stimmer (1626-1632)
Der Eintritt Schwedens 1631 in das Kriegsgeschehen brachte das Kloster Neuzelle in akute Gefahr. Von April 1631 bis Anfang 1632 diente das Kloster den Schweden als Lager und Sammelplatz. Das Kloster wurde komplett geplündert. „Anfänglich das Kloster und die Kirche an sich selbst betreffend, sind in der Kirche die Altäre samt der Orgel und neuen Predigtstuhl übel zerhauen und zugerichtet, die Orgelpfeifen teils zerschlagen, teils ganz hinweg gebracht, die Gräber geöffnet, die Leichname spoliert [geplündert] und beraubt, auch von der Bibliothek nichts mehr als etliche zerrissene und verderbte Blätter davon zu befinden gewesen; in des Abts- und Konventsstuben aber, wie auch an den anderen Zimmern und Gemächern, alle Fenster, Öfen, Türen, Kisten, Kasten, Tische, Bänke und Betten zerhauen, zerschlagen und keine Federbetten mehr da hinterblieben; ingleichen alle Keller, Schittböden [?], Söllen [Altan] und Kammern aufgeschlagen und ganz lehr, auch die Bretter auf den Böden aufgesputet [?].“ (Bericht vom 16.5.1632 nach H. Theissing 1968, 52, behutsam modernisiert). Ein Söllen ist eigentlich ein Altan, für den es in Neuzelle bislang aber noch keinen Nachweis gibt.
Bartholomäus Pflugk (1632/34-1641)
Bartholomäus Pflugk wurde 1632 vom Kaiser als Adiministrator des Klosters eingesetzt.
Nach dem Friedensschluss zwischen dem Kaiser und dem sächsischen Kurfürsten 1635 (Prager Frieden) kamen die Lausitzen endgültig an das Kurfürstentum Sachsen. Der Traditionsrezeß, der die Rechte der katholischen Stifte wahrt, blieb bestehen.
Bernhardus von Schrattenbach (1641-1660)
Bernhardus konnte seine Aufgaben erst nach Beendigung des langen Krieges 1648 richtig wahrnehmen. Plünderungen und Kriegskontributionszahlungen hatten der Klosterherrschaft schweren Schaden zugefügt. Vor 1618 gab es im Klosterland 336 Bauern und 515 Gärtner, 1658 nur noch 201 Bauern und 224 Gärtner (nach H. Theissing 1968, 55); direkt nach dem Krieg dürften die Zahlen noch geringer gewesen sein.
Bauphase IV: Im Kloster begann Abt Bernhard mit der barocken Umgestaltung der Stiftskirche. Zu den Baumaßnahmen gehörten eine neue Durchfensterung, der Einbau einer Zwischendecke, die Stuckaturen, sowie die Ausmalung der neuen Decke und der oberen Wandflächen. Ansonsten blieb der Kirchenraum in seiner gotischen Struktur zunächst erhalten.
Der Sanktusleuchter, der heute im Altarraum steht, ist mit dem Wappen Schrattenbachs versehen.
Das Deckenfresko mit der Auferstehung Jesu besitzt die Künstlersignatur Vanettis, sowie eine Darstellung des Abtes mit Wappen und der Jahresangabe 1655-58. W. Töpler berichtet, dass vor der Restaurierung 1976 die Jahreszahl 1654 als Beginn der Baumaßnahme zu lesen war (W. Töpler 2008, 73).
Albericus von Burghoff (1660-1685)
Heinrich Theissig schreibt, dass Abt Albericus die Zellen der Mönche ausbauen ließ. Diese Baumaßnahme dürfte in der Klausur das Obergeschoss des Ostflügels (Chormönche) und eventuell auch des Westflügels (Konversen) betroffen haben. Eine ähnliche Baumaßnahme wird auch Abt Conradus etwa 30 Jahre später zugeschrieben (siehe dem).
1663 gründete Abt Albericus die St-Josefs-Bruderschaft in Neuzelle.
Eugenius Haumann (1685-1695)
Die Verbesserung der Klosterwirtschaft stand im Mittelpunkt seiner Bemühungen. Als Baumaßnahmen gehören hierzu: Renovierung oder Neubau der Vorwerke, Bau der Schäferei, des Brauhauses, der Bäckerei und des Gasthofes am Kloster, Bau eines festen Dammes am Klosterteich, Anlage von Fischteichen in Bremmsdorf und Fünfeichen, Verlegung einer Trinkwasserleitung von Kummro zum Kloster.
Aus der Oberlausitz ließ er ganze Rinder- und Schafherden ins Klosterland bringen, um die Viehwirtschaft wieder aufzubauen.
Petrus II. Richter (1695-1703)
Abt Petrus II. führte die Arbeit seines Vorgängers fort und kümmert sich vor allem um die ökonomischen Verhältnisse des Klosters. An Baumaßnahmen werden von H. Theissig genannt: Wiederaufbau der durch Feuer zerstörten Vorwerke in Seitwann und Schwertzko, sowie die Renovierung und Aufstockung des Turmes der Ägidius-Kapelle. Eine Urkunde, die 1699 in den Turmknauf der Ägidius-Kapelle eingesetzt wurde, bezeugt, dass Abt Petrus „[…] nach anderen im Kloster und auf den Vorwerken aufgeführten nötigen und nützlichen Gebäuden auch diesen Kirchturm außerhalb der Mauer erhöhen und aufbauen, den Knopf aufsetzen, und zur Ehre Gottes und seiner Heiligen Kirche in gegenwärtigen zierlichen Stand [hat] bringen lassen […]“ (zitiert nach W. Töpler 2008, 88 und moderat modernisiert). Aus dieser Urkunde geht auch hervor, dass 1699 nur noch 50 Einwohner, die meisten aus Schlaben, katholisch waren und dass im Kloster 32 Mönche (Chormönche und Konversen) lebten.
Es wird vermutet, dass auf dem großen Kuppelnfresko der Kreuzkirche die Ägidienkapelle abgebildet ist. Die Urkunde aus dem Turmknauf berichtet von einem „Kirchturm außerhalb der Mauer“. Die Ägiduiskapelle stand als Pfortenkapelle des Klosters jedoch innerhalb der Klostermauern. Somit war der Turm seitlich platziert. Die Darstellung auf dem Kuppelfresko könnte dies andeuten. Es ist allerdings verwunderlich, dass die Ägidiuskapelle nicht beim Heiligen Ägidius dargestellt ist sondern bei Leopold III.

Aus der Zeit des Abtes Petrus II. stammen außerdem die noch heute erhaltene Kanzel der Ägidius-Kapelle und ein Marienrelief, dass später als Spolie in der Kreuzkirche Verwendung fand.
Er kümmerte sich auch um unklar gewordene Grenzziehungen und ließ im Klosterland Grenzsteine aufstellen.
Conradus Proche (1703-1727)
Kurz nach seinem Amtsantritt ließ Abt Conradus eine neue Orgel anfertigen, die 1704 in der Klosterkirche aufgestellt wurde.
Er kümmerte sich wie seine Vorgänger um die Wirtschaftsgebäude und ließ die Vorwerke in Neuzelle, Koschen, Seitwann, Steinsdorf und Bresinchen herrichten.
Bauphase V: 1709 bis 1711 wurde der Ostflügel der Klausur deutlich verbreitert, die Zellen der Mönche im Obergeschoss ausgebaut und an der Nordseite der Kirche eine neue Sakristei geschaffen. Da es zu dieser Zeit den barocken Altarraum noch nicht gab wurde die „Neue Sakristei“ endgültig erst 1737 fertig gestellt. Ein Schrank in der Neuen Sakristei weist jedoch die Jahreszahl 1709 auf. Die bauliche Verbindung zwischen neuem Ostflügel und dem Choranbau mit neuer Sakristei ist noch zu klären..
Auf Abt Conradus geht auch ein Neubau des Kanzlei- und Gastgebäudes mit massiven Kellern an der Westseite des Stiftsplatzes zurück. An der Decke des großen Saales ist das Wappen des Abtes mit der Jahreszahl 1723 eingearbeitet. Beide Gebäude standen damals aber noch separat nebeneinander.
Martinus Graff (1727-1741)
Gleich nach seiner Amtseinführung ging Abt Martinus an den Neubau der Kirche Zum Heiligen Kreuz anstelle der Ägidius-Kapelle (1728 bis 1734). 1730 wurde der Orgelprospekt der Kreuzkirche vollendet. Im Pfeifenwerk wird das Sonnenmotiv aufgegriffen, dass Eugenio Casparini 1704 in Görlitz („Sonnenorgel“) verwendet hat.
Bauphase VI: Die Stiftskirche wurde um die Vorhalle, den Altarrum (Presbyterium) und die Josefskapelle erweitert. Abt Martinus ist mit mehreren Wappen in der Stiftskirche vertreten, einige davon besitzen eine Jahreszahl (Kanzel: 1728, Portale der Vorhalle: 1730, Taufaltar: 1730, nördliches Seitenportal: 1731, Kirchenhauptportal: 1732, Verkündigungsaltar: 1733, Abtsthron: 1733, Benediktus-Altar: 1735, Bernhardus-Altar: 1735), andere lassen sich nur grob nach 1732 einordnen, da Abt Martinus ab 1732 die Bischofswürde besaß und diese in sein Wappen einfügen ließ.
Das neue Portal zwischen Klausur und Kanzlei trägt das Martinus-Wappen mit der Jahreszahl 1736.
1736 ließ Abt Martinus eine Kastanienallee auf dem Damm des Klosterteiches anlegen. Zur Erinnerung an die von radikalen Hussiten ermordeten Mönchen wurde eine Kapelle („Schiefe Kapelle“) und eine Gedenksäule (Christussäule) an bzw. auf der neuen Allee errichtet.
Im Südosten des Stiftsplatzes enstand die Sommerabtei.
Neben der bestehenden Klosterschule, die Abt Martinus selbst besucht hatte, wurde ein Gymnasium eingerichtet.
Nach dem Dreißigjährigen Krieg wurde der Weinbau zu einem bedeutenden Wirtschaftszweig des Klosters. Abt Martinus ließ die Scheibe und den Priorsberg für den Weinbau herrichten und betrieb dort einen mustergültigen Betrieb. Auf 16 Feldern wurden sortenreine Weine angebaut, für die die benachbarte Schäferei das Düngemittel lieferte. Die Reben stammten aus Burgund. (Roland Fröhlich: Die Zisterzienser und ihre Weinberge in Brandenburg. Berlin 2010, zu Neuzelle Seite 234-263).
Der Konvent zählte 1735 32 Mönche, 2 Novizen und 4 Konversen.
Gabriel Dubau (1742-1775)
Bauphase VI: Abt Gabriel vollendete die Baumaßnahmen seines Vorgängers. In der Stiftskirche wurden die Kanzel und fünf Nebenaltäre fertig gestellt.
Entsprechend den Interessen von Abt Gabriel wurde die Bibliothek deutlich erweitert und im Obergeschoss des Nordflügels ein großer Saal geschaffen, der wie die anderen Räume im Obergeschoss der Klausur leider durch einen Brand im späten 19. Jahrhundert vernichtet wurde.
Auf Abt Gabriel geht auch die repräsentative Gartengestaltung im französischen Stil zurück. Am Oderhang entstand eine Orangerie, ein Abtsgarten (der der Öffentlichkeit zugänglich war) und ein Konventsgarten, in dem die Mönche eigene Parzellen pflegten. Bekannt wurde Neuzelle durch eine Pflege besonderer Obstsorten und eine Nelkenzucht. Im Prinzip ist auch die Anlage des Fasanengartens südlich des Klosters und verschiedener Alleen zur Umfeldgestaltung des Klosters hinzuzurechnen.
Im Schlaubetal ließ sich Abt Gabriel das Waldhaus „Sieh-dich-um“ mit Kapelle errichten.
1751 bis 1753 entstanden im Auftrag von Abt Gabriel die Neuzeller Passionsdarstellungen des böhmischen Künstlers Josef Seifrit. Ein Werk von kulturhistorisch außergewöhnlichem Wert.
Etwa zur gleichen Zeit ließ Abt Gabriel die Klosterherrschaft von Christoph Ludwig Grund und Christian Albert Borhrdt vermessen. Daraus entstand zwischen 1758 und 1763 der „Neuzeller Stiftsatlas“, der Neuzelle auf dem Höhepunkt seiner barocken Entfaltung zeigt.
Vom Siebenjährigen Krieg (1756-1763) war die Klosterherrschaft wieder durch Kontributionszahlungen und Truppenbewegungen betroffen.
Edmundus Pietschmann (1775-1801)
Abt Edmundus kümmerte sich intensiv um die wissenschaftliche Ausbildung der Ordensbrüder (Erweiterung der Bibliothek) und um die Allgemeinbildung. Er gründete eine Lehranstalt für Mädchen, baute das Gymnasium aus und errichtete ein Internat.
Die Kirchenpolitik Kaiser Josef II., die die völlige Abhängigkeit der kirchlichen Institutionen vom Staat und schließlich die Auflösung vieler Klöster bewirkte, zwang Abt Edmundus dazu 1783 aus der böhmischen Ordensprovinz aus zu treten und sich zusammen mit den Klöstern Marienthal und Marienstern direkt dem Generalkapitel der Zisterzienser in Citeaux unterzuordnen. Dies war aber nur eine kurzfristige Lösung, denn 1790 wurden in Folge der Französischen Revolution alle Zisterzienserklöster in Frankreich (darunter auch Citeaux) aufgehoben.
Optatus Paul (1803-1817)
Nach dem Reichsdeputationshauptschluss von 1803 wurden auch in den deutschen Staaten zahlreiche Klöster aufgehoben. Zudem war Neuzelle 1806/07 direkt vom Krieg zwischen Frankreich und Preußen betroffen und musste erneut Kontributionen und Truppenbe-wegungen aushalten.
Baumaßnahme VII: Trotzdem konnte Abt Optatus am Anfang seiner Amtszeit noch einige Baumaßnahmen durchführen. 1804 ließ er den Turm der Stiftskirche renovieren und einen neuen Glockenstuhl einbauen. 1806 wurde die Orgelempore mit neuer Orgel im Kirchenraum erbaut. An der Nordseite wurden die neuen Beichtstühle aufgestellt.
Da Sachsen lange auf Seiten Napoleons gestanden hatte, musste es im Wiener Kongress 1815 zahlreiche Gebiete an die Siegermächte abtreten. Die Niederlausitz fiel an Preußen. 1817 wurde das Kloster Neuzelle, als letztes Zisterzienserkloster in Deutschland, aufgehoben.